Nació en Morges, Suiza, el 24 de diciembre de 1796. Hija del hispanista Juan Nicolás Böhl de Fáber que fue uno de los principales impulsores del Romanticismo en España, y de la también escritora Francisca Larrea. Entre 1805 y 1813 Cecilia vive en Hamburgo, Alemania, donde adquirirá su educación a la «antigua usanza´´. Con 17 años volvió a Cádiz.
Contrajo matrimonio en tres ocasiones, quedándose viuda en las tres y el último de ellos le trajo la ruina económica.
Aunque rechazaba la política, escribió varias novelas tomando una clara postura a favor del Antiguo Régimen, al igual que su madre. Escribió gran parte de su obra en francés, en alemán y en español.
Para escribir tomó el pseudónimo de la población de Ciudad Real, Fernán Caballero: <<Gustóme ese nombre por su sabor antiguo y caballeresco, y sin titubear un momento lo envié a Madrid, trocando para el público, modestas faldas de Cecilia por los castizos calzones de Fernán Caballero» explicó la autora.
Es considerada como una de las impulsoras de la renovación de la novela española de mediados del siglo XIX, que aparecerá en el Realismo y Naturalismo de las décadas posteriores. Sus obras unirán escenas costumbristas y populares.
Entre sus obras más destacadas encontramos «La gaviota´´, escrita en francés, publicada por entregas, formato folletín, por el periódico de la época El Heraldo. La novela puede ser dividida en dos partes: en la primera se nos muestra la vida sencilla y virtuosa de los habitantes de una aldea, mientras que en la otra la vida ya de Sevilla abierta en parte a las costumbres extranjeras, pese a la dignidad de la aristocracia local. Su personaje principal, Marisalada, es el prototipo de mujer española pasional, independiente y egoísta que terminará viviendo una mísera vida.
En 1852 publicaría «Clemencia´´, contiene algunos elementos autobiográficos relativos al desdichado primer matrimonio de la autora con el capitán Planells. La novela, triste, trata de enseñar que la paciencia y la resignación son virtudes indispensables y que sólo venciendo con fuerza de ánimo las adversidades del destino, se puede alcanzar la verdadera serenidad de espíritu.
Cecilia fallece en Sevilla el 7 de abril de 1877.